El camino que ha seguido la Agrupación de Cofradías de la Semana Santa de Baena no ha sido fácil, porque desde el principio se encontró con serias dificultades, primero para su constitución y, posteriormente, para la organización de actividades y superar la rivalidad y enfrentamiento existente entre la cola negra y la cola blanca. Y es que desde que comenzó a hablarse de la necesidad de una asociación de hermandades, a inicios de los años sesenta, tuvo que pasar mucho tiempo hasta que al final se constituyó y pudo desarrollar su actividad. Desde la reunión fundacional, el 22 de agosto de 1977 (el primer presidente fue Alfredo Osuna y después fue nombrado José González Pertíñez), se ha producido la dimisión de dos de sus presidentes, y durante tres años se mantuvo al frente de la misma una comisión gestora, encabezada por el párroco Juan Huertas Palma. Las discrepancias entre las distintas cofradías, que veían a la Agrupación como un contrapoder a su estatus tradicional, provocaron grandes desavenencias y la principal afectada fue la Agrupación de Cofradías, una organización que necesitaba el apoyo de todas las cofradías para que pudiera adquirir el respaldo suficiente para desarrollar su mandato. Y todo a pesar de que en los primeros estatutos ya se recogía que esta organización era “una institución mediadora y de diálogo, capaz de unir voluntades, para dignificar, mejorar y engrandecer el más rico legado histórico que poseemos”. Pero, como aseguró el presidente Manuel Guijarro cuando presentó su dimisión en cabildo, “después de 15 años de existencia, la Agrupación continúa con la oposición de unos hermanos mayores y la indiferencia de otros”. “Y es que aún queremos ver la Agrupación con cierto recelo, entendiéndola como una entidad ajena a las cofradías, como si la Agrupación fuese a asumir funciones de las cofradías o quitar cierto protagonismo a sus hermanos mayores”, diría Manuel Guijarro. Afortunadamente, en nuestros días se han limado esas diferencias y hoy ha conseguido el respaldo de todas las cofradías.
Tras ese periodo sin junta de gobierno, fue elegido en funciones Felipe Calderón. A partir de diciembre de 1996, cuando accedió a la presidencia Julio Garrido Ramos, se ha producido un nuevo avance en la consolidación de la entidad gracias al apoyo decidido de las distintas cofradías para que alcance el papel protagonista que le otorga la Iglesia en la Semana Santa de Baena. Después fueron elegidos presidentes Javier Muñoz, Juan Carlos Roldán y, en la actualidad, es Guillermo Bernal. Hoy es una organización consolidada y que realiza una gran labor de organización y difusión de la Semana Santa.